Meningokokki-infektion hoito riippuu taudin kliinisestä muodosta. Nasofaryngiitti, hoito on oireenmukaista. Jos diagnoosi on varmistettu bakteriologisesti käytettyjen bentsyylipenisilliini, ampisilliini, kefalosporiinit I-II sukupolven, kloramfenikoli, pefloksasiini toissijainen terapeuttisten annosten aikana 3 päivä. Älä käytä trimetoksatsolia, aminoglykosideja, joihin useimmat nykyiset meningokokkikannat ovat stabiileja.