Jokaiselle ensisijaiselle lipoproteiinille on tunnusomaista se, että se on koostumukseltaan yksittäinen, vain luontainen proteiini (apolipoproteiini). Apolipoproteiinit on merkitty latinallisilla kirjaimilla, joista osa on proteiiniryhmä, ja ne on myös osoitettu numeroilla (esimerkiksi apo-A1, apo-A2 jne.).