Funktionaalinen magneettikuvaus perustuu aivojen verenkierron lisääntymiseen vastauksena aivokuoren hermosolujen lisääntymiseen vastaavan stimulaation vaikutuksesta. Aivotoiminnan kartoituksen avulla voimme tunnistaa neuronaalisen aktivaation alueet, jotka syntyvät vastauksena stimulaatioon (moottori, sensoriset ja muut ärsykkeet).