Primaarisessa tuberkuloosissa leesiot ovat yleensä paikallisia imusolmukkeissa, keuhkoissa, pleurassa ja joskus muissa elimissä: munuaisissa, nivelissä, luissa, peritoneumissa. Spesifisen tulehduksen alue voi olla hyvin pieni ja pysyy piilossa tutkimuksen aikana. Suuri vahinko on tavallisesti potilaan kliinisten ja säteilykokeiden aikana.