Joissakin tapauksissa, useammin naisilla, akuutti pyelonefriitti alkaa akuutilla kystiitillä (tiheä ja kivulias virtsaaminen, kipu virtsarakossa, terminaalinen hematuria). Muita akuutin myelonefriitin oireita ovat yleinen väsymys, heikkous, lihas- ja päänsäryt, ruokahaluttomuus, pahoinvointi, oksentelu.