Sairaalahoitoon sovelletaan potilaita, joilla on keskivaikeita ja vakavia rotavirusinfektioiden muotoja sekä potilaita, joilla on korkea epidemiologinen riski (asetetut kontingenssit). Rotuvirusinfektioiden monimutkainen hoito sisältää terapeuttisen ravinnon, etiotrooppisen, patogeenisen ja oireisen hoidon.