Kilpirauhasen mikrosomaaliseen fraktioon kohdistuvien vasta-aineiden määrittämiseen käytetään autoimmuunitroidutulehduksen ja kilpirauhasen vajaatoiminnan diagnosointia, jossa vasta-aineiden määrä veressä nousee. Vasta-aineita, kilpirauhasen mikrosomeissa muodostamiseksi immuunikomplekseja solun pinnalla, aktivoi komplementtia ja sytotoksisten lymfosyyttien, joka johtaa solujen tuhoutumista ja muodostumista tulehduksellinen prosessi kilpirauhaseen.