Aivojen runko on selkäydin laajeneminen rostralisuunnassa. Ehtojen välinen raja on paikka, jossa ensimmäiset kohdunkaulan juuret ja pyramidien risteys poistuvat. Runko on jaettu taka-ja keski-aivoihin. Ensimmäinen sisältää keskiviivaa, aivosillan ja pikkuaivoja. Sen jatkuminen on keskellä oleva aivo, joka koostuu nelivetoista ja aivorajoista ja rajoittuu välivaiheeseen (thalamus, hypothalamus, subthalamus).