HCV-genomia edustaa yksijuosteinen positiivisesti varautunut RNA, joka koodaa kolmea rakenteellista (nukleokapsidiproteiiniydin ja vaipan E1-E2 nukleoproteiinit) ja viittä rakenteellista (NS1, NS2, NS3, NS4, NS5) proteiinia. Kullekin näistä proteiineista syntetisoidaan AT:t, joita löytyy virushepatiitti C:tä sairastavien potilaiden verestä.